Pour copier la structure sans les fichiers sous UNIX (en tout cas depuis CentOS) il suffit de lancer une petite ligne de commande que voici :
cd /votre répertoire
find * -type d -exec mkdir /répertoire de destination/\{\} \;
Si vous désirez juste le premier niveau


cd /votre répertoire && find * -maxdepth 0 -type d -exec mkdir /répertoire de destination/\{\} \;